明清嬗替，让“崇祯十七年”成为一个不忍述及的符号性隐痛。一个无可挽回的悲怆记忆，从此凋敝在历史的荒凉背景之中，也镂刻在由明入清的士人心中。
　　
　　在国破家亡之际，他耿介特立，以遗民自居，怀着强烈的故国之思，毁家纾难，舍命救亡。当一切成为徒劳之后，他啸傲林下，义不仕清，以粲粲孤标树立了一种让人仰视的人格高度；于礼崩乐圮之世，他抱定“国可亡，而史不可灭”的文化信念，闭户著述，从事国史撰著编纂，成一代金石之业，以存故国文献。他虽未亲赴明史馆，但深曲隐衷，通过弟子对官修《明史》的完成，间接为之做出了巨大贡献。
　　
　　在讲学课徒之中，他匡正王学末流之偏，提倡治经通史，以“学必原本于经术而后不为蹈虚，必证明于史籍而后足以应务”为宗旨，将“学道”与“事功”紧系一处，将逐渐虚化腾空的宋明儒学，重新拽回到经世致用的地面。他撰写的《宋元学案》与《明儒学案》，首开学术史先河，厥功至伟，千载不磨。
　　
　　尤为让人讶异并惊叹的是，早于卢梭在《社会契约论》中提出“主权在民”思想，从而与伏尔泰、孟德斯鸠一道掀起欧洲思想启蒙运动的一百年前，他就主张公天下，否定君主至尊。在《明夷待访录》中，他冷峻尖锐地指出君主“以天下之利尽归于己，以天下之害尽归于人”的极端荒谬，大胆诘问：“岂天下之大，于兆民万姓之中，独私其一人姓乎？”