在征横水时，他寄书门人杨仕德予以勉励：“破山中贼易，破心中贼难。”征三浰时，他又致书弟子薛侃：“区区剪除鼠窃，何足为异？若诸贤扫荡心腹之寇，以收廓清平定之功，此诚大丈夫不世之伟绩。”
　　
　　平叛之中，有众多学者、弟子跟随他四处辗转。门人薛侃、欧阳德、梁焯、何廷仁、黄弘纲、薛俊、杨骥等皆紧紧追随，讲聚不散。
　　
　　军营携带着学校，辗转作战。军队中夹杂着一支这样的文人队伍，而且数量也越来越庞大。由于从学者人数众多，暂时充作课堂的军中射圃已经容纳不下，于是，王阳明专门在江西上饶建起濂溪书院，为弟子支起了固定的书桌。应该说，这是中国历史上第一座战地大学。
　　
　　早在龙场时，王阳明就怀疑朱熹的《大学章句》非圣门本旨。平叛胜利回师后，他开始手录古本，伏读精思，这时才相信孔子之学本来简易明白，《大学》原来也并没有经传之分。于是录刻古本《大学》，以正朱熹之非。
　　
　　他认为，朱熹到晚年时已经意识到自己早年的旧说之非，而且痛悔极艾，乃至以为这是“自诳诳人之罪，不可胜赎”。现世所传的朱熹“集注”之类著述，却是他中年时学术未定型时所写，而诸“语类”又是其门人挟胜心以附己见之作。如此，学者门徒守朱熹中年未定之说，而不复知求其晚岁既悟之论，遂取他自己晚年都深表悔悟的早年学说，集为定论，这不是大错特错吗？
　　
　　公元一五一九年六月，王阳明奉敕勘处福建叛军，到达丰城时，陡然听到宁王朱宸濠造反的消息，而京城尚未获悉。
　　
　　此时的情形已经万分紧急。朱宸濠拥兵十万，夺运船而下，兵出鄱阳，取南康，下九江，沿途属县闻风皆溃。朱宸濠的进攻路线很明显，下一步直趋安庆，然后径袭南京，最后北上攻取北京。
　　
　　王阳明考虑到两京仓促无备，他一边用奇谋拖住朱宸濠大军的前进步伐，一边疾返吉安，督派知府调集军粮，组织兵力，整治好器械舟楫，积极应敌；一边又传檄四方，揭露朱宸濠罪状，号召列郡起兵勤王，同时向朝廷上疏告变，请求皇帝下令讨贼。
　　
　　又一个奇迹诞生了。
　　
　　朱宸濠刚围安庆，王阳明却乘其后方空虚攻破南昌，朱宸濠返兵自救，两军于鄱阳湖樵舍激战三次，最后王阳明以火攻大败叛军，并生擒朱宸濠。从六月二十二日发兵，到七月二十七日收兵，王阳明前后用时仅三十五天，干净彻底地平定了明王朝这场内乱。
　　
　　然而，昏庸透顶的明武宗，却扣下胜利的捷报，不向天下宣布，“捷音久上，不发”。他想要玩玩“亲自”生擒叛贼的战争游戏。