吴与弼秉承朱熹的学术理念，认为“圣贤教人，必先格物致知以明其心，诚意正心以修其身，修身以及家，而国而天下不难矣”，强调个人苦修，要人通过读书穷理的“集义”功夫，达到“涵养德性本原”。同时，他还持程颐的“敬义夹持”思想，提出“敬义夹持，实洗心之要法”，即通过内敬和格物致知对人自身“浣洗”，从而陶冶出“莹澈昭融”的达理通性。
　　
　　吴与弼在他的《日录》中强调：“圣贤所言，无非存天理，去人欲。”他与程朱一样认为，学者要常存警惕之心，克制非分欲念，因而在个人道德修养上，他非常重视“主静”，提倡在静坐与夜思中实现心灵的通透、达悟。
　　
　　“澹如秋水贫中味，和若春风静后功。”这是吴与弼所写的诗联，正可当作他为人的真实写照。
　　
　　黄宗羲在《明儒学案》中评价他：“先生之学，刻苦奋励，多从五更枕上汗流泪下得来。及夫得之而有以自乐，则又不知足之蹈之、手之舞之。盖七十年如一日，愤乐相生，可谓独得圣贤之心精者。至于学之之道，大要在涵养性情，而以克己安贫为实地。此正孔、颜寻向上工夫，故不事著述，而契道真，言动之间，悉归平澹。晚年出处一节，卓然世道羽仪，而处之恬然，圭角不露，非有得于道，其能如是？”他为吴与弼所画的人格肖像是：“依乎中庸，遁世不见知而不悔。”
　　
　　吴与弼所创的“崇仁之学”主静主敬，主张在“静观”中反求于“吾心”，实为明代王学的发端。
　　
　　吴与弼一生授徒，桃李繁多，门人学生中声名最显著者为胡居仁、陈献章、娄谅、胡九韶、谢复、郑伉等人。胡居仁以“主静”标宗，开启了“余干之学”。“余干之学”的另一代表人物为娄谅，他则是王阳明的老师。以此而论，陈献章实是王阳明的师叔。
　　
　　由此可见，吴与弼已经于不自觉中，和会了朱熹与陆九渊的思想。他的存心以涵养本源与主倡静思冥悟的修养方法，将在他的弟子陈献章、娄谅身上结出心学的花蕾。
　　
　　而这朵花蕾又将在明代中期，通过王阳明的发扬光大，绽出心学的奇葩。程朱理学也将从此式微，代之的是心学的异军突起与广泛播扬。
　　
　　无疑，陈献章将以其“江门之学”成为理学的终结者和心学的发端人。
　　
　　三
　　
　　陈献章出生之时，从皇觉寺蒲团上站起来，跑出庙门闹革命的安徽凤阳农民朱元璋，已经建立大明政权整整六十年。
　　
　　元亡明兴的六十年来，程朱理学一直高居于国家意识形态的统领之位，以无可争辩的官方学说备受历代朱姓皇帝推崇。
　　
　　《明史•儒林列传》概述道：“明太祖起布衣，定天下，当干戈抢攘之时，所至征召耆儒，讲论道德，修明治术，兴起教化，焕乎成一代之宏规。虽天亶英姿，而诸儒之功不为无助也。制科取士，一以经义为先，网罗硕学。嗣世承平，文教特盛，大臣以文学登用者，林立朝右。而英宗之世，河东薛瑄以醇儒预机政，虽弗究于用，其清修笃学，海内宗焉。吴与弼以名儒被荐，天子修币聘之殊礼，前席延见，想望风采，而誉隆于实，诟谇丛滋。自是积重甲科，儒风少替。”
　　
　　早在洪武三年，公元一三七〇年，朱元璋就下令在科举制度的乡、会试中，一律采用程朱理学为考试内容和标准答案，这使得程朱理学被推到至高无上的地步。二程与朱熹享有无限尊荣地位，连孔子、孟子都望尘莫及：“世儒习气，敢于诬孔孟，必不敢非程朱！”
　　
　　洪武十七年，朝廷再次诏告天下：乡、会试《四书》义以朱熹的“章句集注”为依据，经义以程颐、朱熹及其弟子的注解为准绳。并规定，文章须据以宋代经义，仿元代八比法，谓之八股，八股文由之兴起。被称为“制艺”的八股文章，目的性极强，即代圣贤立言，严禁个人自由发挥，而且还有着严格的体例和字数限制。
　　
　　永乐十二年，公元一四一四年，明成祖朱棣命翰林院学士胡广等人组织编纂以《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》为内容的三部《大全》。一年之后，编纂成书，明成祖为之亲自作序，并颁行天下。
　　
　　三部《大全》所辑内容均为程朱或其门人弟子解释儒家“六经”、阐述性理之学的著作，因而可以说三部《大全》实质上是程朱学派学者的著作汇集。它的刊布，标志着程朱理学已经从原来的民间私学完全上升为官学。
　　
　　程朱理学思想一统全国，成为系统而完整的国家意识形态最高准则。此后，明朝科举考试中废除了儒家经典先前的一切古注，只认定程朱理学为唯一学术依据。程朱理学被统治者奉为安邦治国的圣典。
　　
　　程朱理学的官学化、独尊化，以及科举考试的唯一依据化，这些无疑都使得程朱理学的学术地位和影响提高到一个历史空前的地步。当然，这附带着也给儒学的自身发展带来了巨大的桎梏。
　　
　　流水不腐，户枢不蠹，学术永远不是个自我封闭的系统，它有着很强的开放性与待完善性。任何学术的发展都离不开对自身持续的质疑，众口一词，唯斯为大，其结果只能让本属开放的学术封闭起来，让流动的思想凝滞、僵化起来。
　　
　　被奉为至尊的程朱理学，已经处于这样的尴尬困境了。
　　
　　白寿彝在《中国通史》中是这样总结理学被当成圭臬之后，给明朝初期学术与思想界带来的贻害的：“从朝廷国子学到地方书院，以至乡村的社学，无不进行程朱理学教育，‘家孔孟而户程朱’，‘八股行而古学弃，《大全》出而经学亡’。”
　　
　　程朱的影响到处存在。那些一头钻进《大全》去猎取功名富贵的读书人，许多都成为无益于国家、社会的废物，而钻营成功者，则蠹国病民，行同窃盗。更为严重的是，其他文化领域，如戏曲、小说、曲艺等艺术领域，也深深地打上了程朱理学的印迹，而且越到后来，它的封建主义的精神奴役和思想禁锢的消极作用也越为明显。
　　
　　最直观的表现就是，从明朝建国伊始相继走出的一系列大儒，如宋濂、方孝孺、曹端、薛瑄、吴与弼等，他们虽然学问做得很好，学名远播，但他们的学术独创性却极少，基本上全为承袭并株守程朱学术思想，属于自己的学术思想贡献均相当可怜。
　　
　　如开创“河东之学”的大儒薛瑄，门徒遍及山西、河南、关陇广大区域，为北方朱学宗主。他就认为，经过“北宋五子”发端，儒学发展到朱熹这里已经成为极致，登峰造极，属于当今学者的事只有一样，那就是照着先辈所说的去做就够了，“斯道已大明，无烦著作，直须恭行而已”。