晋元帝司马睿即位以后，有三件事情是他的心结。
　　
　　一是祭祀问题。
　　
　　祭祀作为封建社会极为重要的礼制，历来受到统治者的高度重视。根据《礼记•王制》：“天子七庙，三昭三穆，与大祖之庙而七；诸侯五庙，二昭二穆，与大祖之庙而五。”西晋时期，皇家确立了七庙制度。这种制度具体为一庙异室，即在一座建筑中供奉着昭穆几世的皇帝神主；同时，它又确立了太祖独尊的地位，规定只有太祖的牌位才可以万世不毁。然而，在西晋时期，如何确定太祖，就有一些问题：因为西晋政权是经过司马懿父子三人共同努力才得到的，论开创之功，那自然应该确定司马懿为太祖。但是，作为司马昭的儿子，司马炎当然希望自己的爸爸能够成为太祖。于是司马炎在实行七庙制度之初，只是确定了七位庙主，他们分别是司马炎的六世祖司马均、五世祖司马量、高祖司马俊、曾祖司马防、祖宣皇帝司马懿、伯父景皇帝司马师、父亲文皇帝司马昭。这六世七位先帝为三昭三穆，而“太祖虚位”，没有明确谁是太祖。直至咸宁元年(公元275年)十二月，司马炎才“追尊宣帝庙曰高祖，景帝曰世宗，文帝曰太祖”，也就是说将自己的父亲司马昭定为太祖。
　　
　　到了东晋时期，情况却又发生了变化，司马睿是琅邪王司马觐之子，是司马昭弟弟司马伷的孙子、司马懿的曾孙，他是伯祖司马昭的旁支参见“元帝登基”节。。那么，如果继续以司马昭为太祖，司马睿继承大统就显得有点尴尬。于是，司马睿在建太庙的时候，仍然是采取“太祖虚位”的权宜之计，为重新选择太祖埋下了伏笔。
　　
　　除此之外，在司马睿即位以后，如何加封自己的亲生父亲，也就是怎么样摆平琅邪王的问题，被提上了议事日程。当时，有臣下进言说司马睿的父亲琅邪王司马觐宜尊称皇考。太常贺循表示了反对，说：“礼典之义，子不敢以己爵加其父号。”因为按照法统，司马睿是上继武帝司马炎，也就是说从皇室的疏属承继了大统，那么就不能再顾小宗了。司马睿只好听从贺循的意见，没有追封生父为皇，而是封自己最心爱的儿子司马裒为琅邪王，奉恭王司马觐之祀。
　　
　　关于祭祀的最后一个难题就是：同辈兄弟的神主在宗庙中该不该占据不同的庙数。在西晋武帝所立七庙中，只有三昭三穆，而司马师、司马昭兄弟，虽然都属于第三穆，但是却被计为两庙。到了司马睿时代，就出现了一个问题，那就是司马睿与晋怀帝、晋愍帝为从兄弟。如果继续不按辈分确定庙数，谁也不敢说将来不会因上辈神主迁毁以后，七庙全为同一辈分或者两个辈分的神主占据的情况。这就严重违背了天子之庙“三昭三穆”的礼制，甚至会使天子之庙降为诸侯、士大夫之庙的规格。因此，司马睿对此组织了讨论，讨论的结果是听从了贺循的意见，即七庙数以昭穆为准，而每昭每穆则不一定只有一个皇帝神位。这样，就圆满地解决了问题。