曾国藩灰头土脸地从天津来到了北京，此时他身心疲惫。虽然远离了天津教案，但“刺马”案还等着他，曾国藩对自己的前途感到迷茫，更揣摩不出慈禧太后对自己的看法。特别是他请辞两江总督被否后，更感到迷茫，于是他要见见这位掌握朝政大权的女人。当他觐见慈禧时，两人的交谈还算愉快，而当年正好赶上曾国藩六十大寿，朝廷也很给他面子。赐他御书“勋高柱石”匾额，赏赐玉如意、蟒袍等物以示恩宠。而生日当天，还有部分京官和湖南老乡在湖广会馆为他举办了盛大的生日party。这些都让曾国藩获得了暂时的放松，至少使他摆脱了天津教案的阴影。十月初一，同治帝宴请众大臣，曾国藩也在受邀之列。几天后慈禧太后又召见了曾国藩，交代了江南的应作之事。可以说在北京滞留的时间，算是曾国藩难得清闲的时候，但毕竟还要去两江，在京待了二十天后，曾国藩终于起身去往江宁。
　　
　　这时候的李鸿章正在干什么呢？他现在的身份是直隶总督，同时，他还有了一个另外的身份—北洋通商大臣。三口通商大臣崇厚去法国赔礼道歉了，再加之三口通商大臣这个职务与直隶总督的很多权力相互重叠，索性朝廷就把三口通商大臣这个职务改成了北洋通商大臣，李鸿章也顺其自然地兼任了这个职务。李鸿章的哥哥李瀚章倒也算是托了弟弟的福，接任了弟弟的湖广总督，而李鸿章的权臣之路才刚刚开始。天津教案总算是处理完了，可李鸿章并没有放松下来，既然干上了这么重要的职位，那可要好好表现一下自己的工作能力。吏制、水利、洋务、练兵等样样看起来都不轻松，李鸿章深感责任之重大。而他也不忘向曾国藩写信诉说一下自己的苦闷。比如说他在给曾国藩的一封信上就写道：“每日见客七八次似太烦劳，日久事熟当可从减。前请筱岚来助，因此间洋务幕吏无一解事者，函牍奏咨，必须亲制，殊为窘苦。”大概意思就是事情比较多，只好请人来帮忙，可见初当直隶总督的李鸿章还是有点儿应接不暇。可屋漏偏逢连阴雨，水患之灾在直隶境内弥漫，永定河决口了，李鸿章的首要任务成了救灾。
　　
　　在曾国藩当总督的时期，他就把治理永定河作为一项大事来抓。在曾国藩上任的第一年，也就是同治七年（1868年）永定河就决堤，这使曾国藩忧心忡忡。于是他亲自勘察河道，获取了第一手的资料。在第二年他就上书指出永定河的问题主要是淤泥累积所致，提出分阶段对河道内的淤泥采取分时分段清理、增加引河的方案，他还向户部要求增拨治河的费用。朝廷对曾国藩的治河之策表示赞同，并拨款进行整治。曾国藩亲力亲为，加大督促力度，杜绝偷工减料，确保工程质量。在他的努力下，很快永定河的初步治理工程完毕，他还亲自到工程现场进行验收。但好景不长，永定河再次决口，这让曾国藩猝不及防。幸好这次决口不是新修的工程，而是原来未整修的地方，受灾面积不大。在免去了几个官员后，曾国藩自己并没有受到影响。但河务关系重大，所以曾国藩来不得半点马虎，他继续对永定河进行治理。至同治八年（1869年）十一月，整个永定河工程全部告竣，曾国藩依旧亲自到现场验收，并向朝廷上了一个《永定河北四下汛合龙全河通畅折》，这宣告曾国藩对永定河的治理告一段落。
　　
　　虽然曾国藩对治理永定河花费了大量的心血，但水患之灾只是暂时性地得到了解决，李鸿章却偏偏赶上了永定河的再次肆虐。李鸿章在写给曾国藩的信中直言：“本年津河数郡水灾与嘉庆六年（已近七十年）相等。其时库帑充足，赈恤至百数十万，次年春夏尚有巨资接济，目今局面，断难援照。户部七月二十七日力陈匮乏宜求节省一折，不准各衙门率行奏拨巨款。”从上面的话可以看出来，这次洪灾可谓是几十年一遇，而赈灾的钱款很不到位，所以这让李鸿章犯了难。此时曾国藩的身体状况已很不乐观，但在这种情况下，曾国藩还是为李鸿章出谋划策，激励他想方设法解决当前的困难。李鸿章只好打起精神，东拼西凑了几十万两白银作为救灾之款，以解燃眉之急。
　　
　　别看曾国藩帮助李鸿章，说实话他的处境也不比李鸿章强到哪里去。自他再度担任两江总督后，他的心志已经被消磨得差不多了。为了顾全大局，他背负了骂名，这对他的打击是巨大的，而审理“刺马”案，这又是一道坎。曾国藩也变得“油滑”起来，不想再因为这种难以处理的事情，给自己增加更多的烦恼，他在北京磨磨唧唧地不想赴任，和这个原因有很大的关系。当时朝廷已经增派刑部尚书郑敦谨调查案件，这正好使曾国藩解脱了，他决定先让郑敦谨去，等调查结果出来，自己再开始下一步行动。
　　
　　等到曾国藩正式到任两江总督时，“刺马”案的事情基本上有了眉目。经过讯问嫌犯张汶祥，得到了一个让人咋舌的故事。张汶祥自称与马新贻、曹二都是绿林人士，结拜为兄弟，后来马新贻平步青云当了大官，他看到曹二的老婆很漂亮，就和她私通。可私通这事情毕竟不是光明正大的事情，更要命的是被曹二知道了。马新贻就一不做二不休，给曹二扣了个通捻匪的罪名杀了。张汶祥得知此事，就发誓要为好友报仇，于是就发生了这起震惊全国的高官被刺案。讯问的结果报到藩司梅启照那里，这种涉及“作风问题”的供述，实在让梅启照很难交差，就责人继续讯问。老虎凳辣椒水用完了，张汶祥还是坚持自己的供词。没办法，梅启照只好以“江浙海盗挟仇报复”下了定论。曾国藩这下轻松了，下属都定了性了，自己就按照“实情”办理就是了。而郑敦谨佩服张汶祥的义气，想减轻他的刑罚。曾国藩没有同意，估计他考虑如果以案件真实面目上报必然影响整个清朝官员的形象，与其被人嗤笑，还不如早早结案完事。