董卓进京，废掉少帝，改立献帝。王允很快就受命于危难之际，担任了司徒职务，位列三公。

献帝登基后，外戚与宦官的斗争仍在继续，各地乱军风起云涌。地方割据势力趁机发难，借讨宦官为名，纷纷问鼎中央政权。东汉王朝已是日暮途穷，奄奄一息了。

董卓一进洛阳，王允就敏锐地意识到，这厮必将成为祸害朝廷的最大隐患，必须要采取措施遏制并除掉他。

但董卓手中握有强大的军事力量，党羽众多，而且他本人凶残毒辣。如果王允主动出击，无异于以卵击石。所以王允表面上一味地听任甚至顺从董卓，好让董卓放松对自己的戒备，暗地里却在细心谋划，周密布置，以图诛杀国贼。

董卓进入洛阳后，为了站稳脚跟，扩大势力，曾极力拉拢朝中有影响力的官员。王允不动声色，顺势归顺，不仅尽力迎合他，有时甚至还不惜矫情屈意，偏违原则，以换取董卓的信任。

董卓一看王允不但有才识，而且对自己忠心耿耿，便把他视为心腹，将朝中大小事务都托付给他处理。王允借此时机，对外补救缺失，对内为朝廷出谋划策，主持了一系列恢复皇室权威、发展社会经济的实事儿。他非常有大臣风度，不论是天子还是百官，都很信赖他。

初平二年（公元191年），董卓被孙坚打败后，来到了长安。为了显示淫威，他命令公卿都要到城门口迎接自己，并到自己的车前参拜。

董卓对公卿大臣尚且如此，对百姓就更不客气了。他命人把官员和百姓中儿女不孝顺父母、弟弟不尊敬兄长、臣属不忠于长官、官吏不清廉的人都登记入册，一律处死，财物由官府没收。

董卓这么干，不是为了进行道德教化，而是奔着人家的财产去的。一时间，人们互相诬告，含冤而死的人数以千计。百姓惶恐不安，道路以目。不仅如此，在讨伐诸郡的战争中，董卓的部队更是沿途抢掠，所经之处，人民几乎死亡殆尽。

为了牢牢地掌控朝廷，董卓让自己的弟弟、侄儿都掌握兵权，他的宗族、亲戚都在朝中担任大官，就连他的小妾刚生下的小儿子都被封为侯爵，拿着金印紫绶当玩具。

董卓乘坐的车辆、穿的衣饰都与皇上一样。他对百官发号施令，尚书以下官员都得到他的太师府汇报、请示工作。他还在当时的陕西郿县（今宝鸡市眉县）修建了一个巨大的堡坞，即郿坞。郿坞的墙高七丈，厚七丈，里面存放了足够吃三十年的粮食。董卓的如意算盘是：若大事成，就以此雄踞天下；若不成，还可以退守在里面终老。

Kz�o:0���ter-spacing:0;mso-font-kerning: 0;mso-ansi-language:ZH-CN'>干这种自绝于人民、自绝于朝廷的事情！”说完，王允便把酒泼在了地上。

张让一看，王允这小子是茅坑里的石头——又臭又硬，一直不肯向自己赔罪认错，于是便进一步夸大王允所谓的罪行。

不久，王允案要被提审了。他的部下和朋友，以及朝中很多官员都特别着急，想制止张让陷害王允。连大将军何进、太尉袁隗、司徒杨赐都联名向灵帝上书，替王允求情，希望他能赦免王允。

灵帝拿到这些奏章，一看这么多朝中重臣都替王允求情，就赦免了王允的死罪。不过死罪虽免，活罪难逃，王允仍得待在大狱里，等待重新定罪。

到了冬天，又逢朝廷大赦。但由于张让作梗，王允仍然不在赦免之列。于是何进、袁隗、杨赐三公要员继续给皇帝上书，要求赦免王允。一直到第二年，王允才被免罪释放。

当时朝中奸宦当权，张让等阉党凭借权势，横行霸道，为所欲为。王允刚出狱时，虽然对张让等人的行径深恶痛绝，但他深知自己势单力薄，只好改名换姓，离开都城洛阳，辗转于河内、陈留之间。等到灵帝驾崩，王允借吊丧之机，才又回到洛阳。

那时，大将军何进正利用各地方官吏奔丧的机会，大肆拉拢、结交这些人。王允一到洛阳，就被何进紧急召见，并被任命为从事中郎，也就是军部的参谋。

但是，何进优柔寡断，棋差一着。没等他除掉宦官，就先被宦官给灭了。他一死，张让等人挟持少帝和陈留王半夜出逃。当时朝中公卿大夫都被骤变的局势吓得不知所措，不敢卫护少帝，只有王允当机立断，派遣一部分士兵跟随尚书卢植一起保驾，迎奉少帝回宫。