刘隗抵达建康以后，面见司马睿。他与刁协一起向司马睿进言，要求将王导一族全部诛杀，以绝后患。然而，司马睿却拒绝了这个建议。
　　
　　司马睿没有选择与王氏家族彻底决裂，其原因固然与其和王导君臣之间长期的感情以及王导一直以来表现出的忠心不无关系，但是似乎与司马睿对于局势的走向没有把握也有一定的关系。
　　
　　第一，王敦发动叛乱以后，王导没有像他的从兄王含那样选择逃跑，而是一直以一名罪臣家属的身份，带领全体成员每天到宫门外等待处罚。这首先就是一个态度问题，也说明了王导还是对司马睿忠心的，起码在表面上是这样的。留下王导，即使事情出现意外，身为家长的王导也可以充当制约王敦的一件武器，使之不至于走得太远。
　　
　　第二，处罚整个王氏家族面临现实的困难。王氏家族过江以前就是琅邪的高门大族，过江以后更是一等一的豪门。经过王导等人的苦心经营，王氏家族已经俨然是一个王氏帝国。史称，仅王导自家就有田六十余顷，有田就需要有人耕作，那么部曲、门客、奴婢等就不在少数。况且，在王氏家族内部不少人虽然对刁协等人的做法十分反感，但对于王敦的忤逆行为也是不认可的。除此之外，王导以宰相的身份控制朝廷多年，势力盘根错节，在宫门外的王导时时让司马睿感到沉重的压力。如果在王导等人态度很好的情况下再予以严肃处理的话，将缺乏正当性。这样只会把整个王氏家族甚至包括倾向于王氏家族的其他大族推向王敦一边，并极有可能激发出建康的内乱。
　　
　　第三，司马睿对中央的兵力是否能够战胜王敦并没有十足的把握。戴渊、刘隗的部队毕竟刚刚建军半年，与王敦训练有素的部队当不可同日而语。建康城内的兵力也不很充足，宿卫六军据《晋书•职官志》记载，“六军”是指中领军、中护军、左卫将军、右卫将军、骁骑将军、游击将军。十分薄弱。而且，王氏家族在宿卫六军中也是很有势力的，如王廙就是左卫将军，王邃为领军将军。而甘卓、陶侃均在千里之外，远水救不了近火。因此，朝廷未经战阵的军队与王敦的虎狼之师相遇，究竟能否取胜，尚属未知。如果此时与王氏彻底决裂，以后将没有一丝的回旋余地。
　　
　　第四，激起王敦之变，当然是司马睿为了提高皇权。不过，司马睿采取的办法是利用刁协、刘隗等人，来分割王氏家族的权力。这说到底，还是一个君主利用大臣之间争斗搞的一种平衡。如果把王氏家族斩草除根的话，司马睿势必面对一个刁协、刘隗一支独大的问题。即使是战胜了王敦，留下受到重创的王导作为刘隗、刁协二人的掣肘，亦无不可。
　　
　　于是，在刘隗回师建康之前，通过周顗的极力斡旋，司马睿就已经拿定了继续利用王导的决心。因此，在刁协、刘隗二人向司马睿建议诛杀王氏家族的时候，司马睿断然否定了这个意见。刚才还在群臣面前谈笑风生的刘隗陡然感到了极大的不安，不过他还是顺从地接受了司马睿的命令，率部前往金城驻守去了。
　　
　　送走了刘隗，司马睿命人将王导上缴的朝服退还给了王导，并在宫中予以接见。走进宫中，王导顿首谢罪说：“乱臣贼子，哪个朝廷没有啊？我没有想到今天竟然出现在臣下的家族里！”王导对司马睿的这番话，是给王敦的行为定了性，即王敦是乱臣贼子。而王导内心深处真的就是这么想的么？
　　
　　而此时，司马睿表演得更是出格。他连忙将王导扶起，像朋友一样亲昵地称呼着王导的字，说：“茂弘啊，我正要把建康城方圆百里臣民的身家性命，都拜托给你呢，瞧你说的这是啥话啊！”好像过去剥夺王导权力，试图铲除王氏家族，都与他毫无关系似的。
　　
　　接着，司马睿下诏，任命司空王导为前锋大都督，以尚书令刁协出督六军，加封周顗为尚书左仆射，王邃为尚书右仆射，建康附近的地方官全部加军号。
　　
　　至此，司马睿的部署业已全部完成：戴渊领兵扼守建康朱雀桥，负责建康城的正面防卫；刘隗前突至金城，迎击敌人；右将军周札驻守建康西面门户石头城，护卫建康的西面；太子右卫率周筵（周札的侄儿）火速赶往了三吴去平定沈充。同时，司马睿也正式下诏命令甘卓、陶侃领兵攻击王敦的后方。
　　
　　为了进一步拉拢王导，司马睿下诏说：“王导大义灭亲，请将我当安东将军时朝廷曾经颁发给我的节，交给王导。”除了降尊纡贵地安抚王导以外，司马睿还派遣王导的堂弟，也是司马睿的姨家表弟、左将军王廙前往王敦军中，企图劝说王敦退兵。这当然是司马睿的一厢情愿。
　　
　　不过，在司马睿看来，我没有杀掉王氏一门，现在最佳的选择是能够说服王敦退兵，这样双方都能体面地下台阶。而能够充当此任的最好人选，非王廙莫属。虽然王廙本人没有什么实际才能，但是他有司马氏与王氏两家的背景。可是，司马睿大大低估了王敦的决心，局势已经到了这个地步，还幻想双方真的能够言归于好，的确有点天真。王廙到达王敦的军营以后，就被王敦扣留不放，反而向王敦透露了建康各处的兵力部署，替王敦出谋划策。
　　
　　看到王廙迟迟不回，司马睿终于意识到难免一战了。为了鼓舞士气，他亲自穿上铠甲，在建康郊外检阅部队。
　　
　　五年前杜弢叛乱被平定以后，杜弢的部将杜弘投降了王敦。此时，杜弘也随着王敦一起来到了建康。王敦最初的打算是直接进攻驻守在金城的刘隗。但是，身经百战的杜弘对王敦建议说：“刘隗手下的壮士很多，不容易迅速击败，不如先进攻石头城。周札此人对下属刻薄少恩，部队不愿意为他卖命。我军如果前去进攻他，肯定能够一举攻下。一旦周札被击败，前突在金城的刘隗自然退却。”
　　
　　王敦采纳了杜弘的建议，任命杜弘为先锋官，率领先头部队，前去攻击石头城。按理说，石头城十分险要，但是在杜弘士兵的攻击下。周札居然大开城门投降了王敦军，石头城被王敦所部顺利占领了。王敦军拿下了石头城，建康的西门洞开，谁都知道攻陷建康只是迟早的事情。
　　
　　失去石头城以后，司马睿变得又惊又气，举动失常。
　　
　　他命令京师的所有部队全部出动，发誓要夺回石头城。于是，各路部队开始向石头城发起进攻。刁协、刘隗、戴渊各自率领部队与王敦军接战，均被打得大败。接着，王导、周顗、郭逸、虞潭等悉数出战，也均遭败绩，而建康城能用之兵几乎损失殆尽。太子司马绍听说以后，不禁怒火中烧，想要率领卫士亲自出战。太子中庶子温峤拉着马笼头死死劝谏，说：“殿下，您是国家的继承人，怎么能不顾自身的安危，而不顾天下呢？”抽出宝剑将套马的皮带斩断，司马绍才停了下来。
　　
　　建康就这样轻易地变成了无防之城。
　　
　　司马睿失败得有些突然，也有点蹊跷。各种史书对此都是一笔带过，对于当时的细节没有做出过多的描述，这大约出于历史上为尊者讳的传统吧。即便如此，我们也深切地感觉到，当时的建康守军并不卖力，建康民众也是袖手旁观。究其原因，大约是司马睿发奴为兵确实让“士庶怨之”吧！另外，指挥这次战斗的都督王导，本身就不愿意看到己方的胜利，因为如果司马睿胜利的话，也许王氏家族会变得更加危险；反之，不仅能够除掉异己，而且王氏等大族的利益还能得到有效的维护。史书没有透露王导在后面做了什么样的手脚，因此也不好断言。
　　
　　王敦高居在石头城上，并以此为据点，纵兵大掠建康城。百官全部逃散，只有安东上将军刘超率领部下宿卫宫中，另外还有两位侍中陪伴着司马睿。刘超是琅邪国的故人，对司马睿忠心耿耿。他本来在服父丧中，因为王敦之变，司马睿特意下诏夺情，让刘超赶回。败退以后，戴渊率领亲随百人回到宫中，等待司马睿的下一步命令。刁协、刘隗一起入宫，与司马睿在太极殿的东殿相见。司马睿看到两位忠臣，不禁悲从中来，痛哭失声，劝令二位赶紧各自逃难。
　　
　　刁协说：“臣当守在此，等待被杀，不敢有二心！”
　　
　　司马睿看着这位倔强的老人，哭着说：“现在事情太危急了，怎能不逃跑啊！”他命令手下给刘隗与刁协两位大臣准备马匹，让他们各自逃命。
　　
　　刁协年事已高，骑不了马。如今树倒猢狲散，招募来的随从走到半道，也是一哄而散，逃之夭夭。最后，刁协一人走到江乘，被人所杀，传首王敦。王敦听任刁协的家人将其收葬。司马睿对刁协之死十分痛惜，后来他秘密派人将杀死刁协之人捕杀。刘隗则带领家属、亲随二百多人辗转逃往石勒处，后被石勒任命为从事中郎、太子太傅，后死于石勒的赵国。