陕甘回民起义原因之一就是苛捐杂税。镇压太平天国运动开始后，“京饷及各处军营饷银均依赖山陕两省接济”，到了1854年就连咸丰皇帝都认为山陕等省的税已经够多了，再加已经很难。因此，要求陕西地方官劝捐，对于数额要求最低是百万两，越多越好。陕西地方当局为了完成政治任务，真是到了不择手段的地步。
　　
　　例如“当千钱”的发行，把1000个制钱改为大钱30个。按道理说，币值越大铜钱就应该更大更重，但实际上新旧大小钱相差不多。结果仅铸币获利就达30倍。1858年，巡抚曾望颜在西安设立厘金总局，全省各地厘金局广布，对商人征收1%到2.2%货物税。同时，为了保证军粮，赋粮一斤之外，附加军面四到七斤不等。1860年，为了镇压地方上的农民暴动，开始举办团练，仅凤翔郡就有数十万民兵。而这些民兵由于没有财政拨款，军饷严重不足导致民兵们就做起了官方认可的土匪。
　　
　　陕甘回民起义原因之二就是民族政策错误。对于回民起义的原因，左宗棠有正确的认识。陕甘回民起义的源头就是晚清政府的错误，陕甘总督和甘肃、陕西的巡抚有七成多都是满人，剩余二成多的则由汉人充当。而满人之所以立国二百多年，其根本原因是满足了汉人的基本要求，没有汉人的支持，满人是不可能长久立国的。因此，在国政上，晚清政府采取的措施就是“扶汉抑回”。
　　
　　请注意，此处的“汉”指的仅是汉族地主、士绅、中高级知识分子而已。普通汉民就是汉人为皇帝的时候都不怎么受重视。因此，普通汉民并非是清廷扶持的对象。
　　
　　早在咸丰八年（1858年），甘肃布政使张集馨就说过：“凡有争讼殴斗事件发生，地方官都不问曲直、不分是非地压制回民而偏袒汉民，而一些汉民更是有恃无恐，随意欺凌回民。由此，造成回民仇恨加深。”
　　
　　请注意，此处的汉民大多数都是汉族地主士绅，平常的老百姓并不是问题发生的关键甚至不是主要原因。例如对于土地的争夺，汉族大地主不但兼并汉人穷人的土地，同样也兼并回民的，同样回民的大地主也兼并汉人的土地。所以，汉回冲突主要是汉满回各自上层间的争斗。
　　
　　陕甘回民起义原因之三就是民族风俗。汉回民族的冲突主要出现在民族风俗上，而这需要政府事前宣传各自特殊风俗以防出现误会；其次，就是事发后就事论事、不偏不袒。所以说，政府在风俗问题上同样负主要责任。
　　
　　正是这长达几十年的积怨，在太平军出现后便爆发了。
　　
　　1862年夏，太平军西北远征军在陈德才、赖文光率领下攻打西安的时候，因为回民在升山村砍竹爆发了汉回冲突。据谣传团练武装开始发出“秦不留回”的鸡毛传帖。本已经紧张的汉回关系终于引发了回民对自身存亡的极度担忧。西安有传言说汉人要有大举动。8月26日渭南回民郭克裕进入凤翔城后被捉，回民集众要求释放。
　　
　　团练借此机会散布“回民即将造反”的谣言。为此，8月28日回民集中于东关马家巷口，以崔伟（崔伟是陕甘回民起义十八营之首）为首领宣布起义。崔伟的起义是为了争夺民族生存权，而起义的目的就是推翻晚清政府。当地许多汉人也都加入了起义队伍，汉回一同向欺压剥削他们的晚清政府发动了进攻。
　　
　　起义之初，回民派人向各地汉民解释此次起义皆是因官府和团练要妄图杀回民导致。在此期间，当地不少汉民和四川川勇参加了回民起义。
　　
　　28日进攻凤翔城的时候，团练因为惧怕回民响应，诱杀城内48家回民。自此，在团练和官府的鼓噪下，汉回矛盾越来越深。到了1864年，崔伟领导的凤翔回民起义成为十八营中的一营。而为了支持回民起义，1866年陶茂林和雷正官等部下官兵先后拒绝与回民对抗。
　　
　　1867年1月23日，在灞桥十里坡西捻军歼灭湘军3000人。而西捻军与太平军的不同就在于，西捻主动联合回民，而太平军却不与回民联系。3月西捻军与回民起义军会合于凤翔地区。然而，1867年12月为救东捻军，西捻军大部分回师山西。
　　
　　崔伟领导下的凤翔回民起义军可以说是与汉民合作最好的一支起义军。1872年11月见左宗棠的政策保证了回民的利益，而且回民起义失败的命运不可逆转，崔伟率部请降，其部下编为左宗棠五大亲兵马队之一的旌善马队。