一条电话线从白宫直通胡佛家。总统艾森豪威尔只是偶尔打电话过去，但尼克松却每天与胡佛通话两次，一次在清晨，一次在深夜。
　　
　　在日渐扩张的国家安全体系中，胡佛的影响力已经延伸到了每个角落。1953年1月26日，胡佛在递交给刚刚上任的总统的报告中称，现在联邦调查局特工已经与白宫、五角大楼、国防部办公室、参谋长联席会议、国家安全局、中情局、国务院、国会、6座驻美大使馆、陆军在德国和奥地利的情报基地以及十几个美国全球权力中心建立了日常的私人联系。
　　
　　此外，胡佛还在国家安全委员会获得了一席之地，与国防部部长、国务卿分庭抗礼。新任司法部部长赫伯特•布劳内尔对胡佛言听计从。布劳内尔的副手和接班人威廉•罗杰斯与胡佛私交甚笃，每周都会与这位联邦调查局局长共进午餐两次。从国家安全到公民权利，胡佛对美国的方针政策产生了决定性的影响。
　　
　　在艾森豪威尔执政期间，美国的反共斗争进入了高潮。胡佛的手下对上至驻外大使下至国会助手的提名人选展开了调查。他们负责监督政界的国内安全清洗活动，葬送了不计其数政治不忠和同性恋嫌疑人的生活和工作。
　　
　　胡佛对国务院的影响也不容小觑。在国务卿约翰•福斯特•杜勒斯的鼎力支持下，联邦调查局派遣特工R.W.斯科特•麦克劳德担任国务院内部安全负责人。麦克劳德采用了包括窃听在内的调查局的惯用伎俩，对华盛顿和美国的驻外使领馆进行了大规模的清洗，并迫使自由派人士和嫌疑人离开外交部门。不计其数的外交官在绝望中递交了辞呈。
　　
　　联邦调查局的特工甚至出现在艾森豪威尔为了向世界各地投射美国的影响和权力而刚刚成立的机构中，其中包括向全球传播美国意识形态的美国信息局。特别探员查尔斯•奴恩和乔•沃尔什负责该局在华盛顿和纽约开展的内部安全行动。此外，联邦调查局还对美国信息局的每一名雇员进行了背景调查，审核他们从儿童时期至今的每一个生活细节。
　　
　　“我们的尚方宝剑就是艾森豪威尔总统颁布的第10450号行政命令，”沃尔什回忆道。“这条命令对危及国家安全的联邦雇员作出了明确规定，不得雇用任何共产党员、同性恋者、酒鬼和其他被认为有可能对美国安全构成威胁的反社会分子，以及与上述人员交往的个人。但是，寻找并确定同性恋嫌疑人是一件令人不快的差事，”他说，“我和中情局的一些特工关系十分融洽。这些人教养良好、头脑聪明，但是突然之间就消失得无影无踪！经过调查后我才发现，原来他们承认了自己是同性恋，并且递交了辞呈。”
　　
　　政府部门中任何人都不能例外，即使是那些已经获得高级涉密资格的人员。斯坦利•格兰德是一名国务院官员，1954年曾与中情局一起发动了推翻危地马拉当局的政变。“当时在国务院很不好过，”他回忆道，“所有人都要经过联邦调查局再次审查才能重新获得涉密资格。我们大部分人都通过了调查，但也有一些人遭到了灭顶之灾……我认识一位很出色的官员，由于担心有人会罗织罪名指控自己，他选择了自杀。这真是一场悲剧。”