当年冬天，联邦调查局再次遭遇了一起悲剧性事件。1943年1月15日，由于飞机在南美洲东北部的荷属圭亚那丛林中坠毁，福克斯沃斯不幸丧生。当时，福克斯沃斯和联邦调查局的另一名特工正在前往摩洛哥的途中。由于罗斯福和丘吉尔在摩洛哥召开战争协商会议，战争部和国务院授权福克斯沃斯，对卡萨布兰卡据称是纳粹通敌分子的一名美国公民进行审讯，以免对总统造成潜在威胁。对特别情报服务处来说，福克斯沃斯之死不啻于一个沉重的打击。截至1943年，该服务处已经增加至583名特工，但是要想完成任务仍然显得力不从心。
　　
　　胡佛再三提议，撤销特别情报服务处。“我强烈建议，解除联邦调查局在西半球从事任何特别情报工作的任务，这一职责完全应当由多诺万所在的机构承担，”他写信给新任陆军情报负责人乔治•维奇•斯特朗少将，“我急切地希望将联邦调查局的特工从拉丁美洲全部撤除。”胡佛竟然心甘情愿地将手中的权力拱手让给像多诺万这样的政敌，这种情况可谓绝无仅有。然而，特别情报服务处令人窝火的行动却接连不断。
　　
　　“要知道，我们的情报工作几乎是白手起家，”1943年被特别情报服务处派往哥伦比亚麦德林负责国家安全工作的特工约翰•沃什说，“在这件事情上，我们谁也不能指望。”
　　
　　特别情报服务处在哥伦比亚的任务是搜捕希特勒的间谍和关闭间谍分子与德国首领进行联系的地下无线电网络。但是，在到达哥伦比亚以后，沃什很快发现，这项工作令他无从下手。“当时，所有的德国侨民都已经被捕，”他回忆道，“由于哥伦比亚向德国宣战，因此他们逮捕了所有在哥伦比亚的德国人。”
　　
　　“大部分时间我都待在乡村俱乐部里，”他说，“对于这项任务，我真的不知道该从何入手。”
　　
　　联邦调查局在事后宣称，特别情报服务处在1942年至1943年一共逮捕了389名轴心国的间谍，摧毁了24个纳粹间谍组织无线电台。实际上，胡佛将本应属于联邦通信委员会无线电情报处的功劳据为己有。联邦通信委员会是在富兰克林•D.罗斯福“新政”期间成立的，负责监督美国的所有广播电台。胡佛与该委员会主席詹姆斯•劳伦斯•弗莱势不两立，早在数年前两人就开始在安装窃听器的问题上争执不下。
　　
　　一次偶然的机会，无线电情报处的工作人员截获了德国与拉丁美洲间谍之间的秘密通讯。随后，他们与美国大使馆官员以及当地警方合作，共同关闭了这一地下网络。1942年，无线电情报处再次获知，纳粹分子准备击沉载有数万美军和加拿大士兵的“玛丽皇后号”。在得知这一情报后，巴西警方逮捕了200余名德国间谍。仅这起案件牵涉到的人数就相当于联邦调查局声称自己在二战期间抓获轴心国间谍人数的一半，或者特别情报服务处抓获间谍人数的总数。
　　
　　联邦调查局的秘史中写道：“一名间谍至少需要几个月时间，才能熟悉当地的风土人情和语言文化，然后才有可能提供任何具有价值的情报。”
　　
　　但是，对于联邦调查局的特工来说，即使短短的几个月时间也难以忍受。数十名到数百名特工要求退出特别情报服务处的地下工作，并申请调回国内。“他们发现，眼前的情景与接受任务时那种前途无量的想像完全不同，他们彻底丧失了信心。”他们有时候甚至“沦为众人的笑柄”，因为经常有驻拉丁美洲的美军士兵和水兵质问他们：“为什么不穿制服，是不是想兜售香皂、推销杂志，或者从事一些与战争无关的微不足道的工作？”秘史中记录，国务院的外交官和大使馆随员也热衷于“发现、揭露并当众羞辱调查局的卧底特工”，将他们称作逃避兵役者。“事实上，这些卧底特工大都是年轻、健康、聪颖、品貌兼优的美国公民，他们虽然到了服役年龄，并且具有卓越的军事资质，但是却不得不装作孱弱无能甚至行动失常。”
　　
　　此外，特别情报服务处的人员还背上了叛徒和卖国贼的骂名。“为了获得亲纳粹分子的信任，并从亲纳粹势力的高层人物那里获取信息”，他们“从事的活动以及进行的联络在当地美国国务院、陆军和海军官员看起来似乎极为可疑”，联邦调查局的秘史记载。“很多人甚至遭到了英国方面的怀疑。有些怀疑也许不无道理，但有些纯粹是因为英国人认为他们是调查局特工，所以想要揭露并羞辱他们。”
　　
　　胡佛终生都秉持着这样一条原则，即不能让调查局蒙羞。为此，他不得不设法挽回联邦调查局在国外的恶名以及低下的地位。胡佛在国务院的密友、国务卿阿道夫•A.伯尔勒为他想出了一个绝妙的主意。
　　
　　伯尔勒建议，在西半球各国的美国大使馆为联邦调查局增设一个司法随员的职位。就像陆军随员和海军随员一样，司法随员也拥有相应的外交地位和岗位补贴，并受到大使馆的保护，其职责是向美国大使馆汇报联邦调查局在该国的活动。如果可能的话，这名随员应当与陆军和海军部门相互配合。从理论上讲，他是“对该国地下情报、尤其是颠覆活动负责的美国官员”，秘史中记载。
　　
　　司法随员系统拯救了联邦调查局在外国的情报机构。
　　
　　胡佛授意这些司法随员拉拢拉丁美洲各国的警察局长和内部安全部长。他们可以通过饮酒、宴请甚至是贿赂的手段，与当地的警察局长或秘密警察局长建立联系。显然，比起杂志通讯员和肥皂推销商来，司法随员搜集情报的工作更加富有成效。
　　
　　联邦调查局通过司法随员建立起来的关系网络成了罗斯福战时睦邻政策的一件利器。随着这种关系的不断发展，美国的资金和权力也开始从美国大使馆流向拉丁美洲各国的总统府和警察局。司法随员和驻外大使说服那些在政治上地位不稳的拉丁美洲总统，让联邦调查局特工作为安全顾问对他们进行保护，这必将是一种明智之举。当然，在担任顾问的同时，这些特工还需要从事间谍活动。
　　
　　从1943年夏开始，在各地司法随员的努力下，联邦调查局“几乎可以从所有拉丁美洲的警察局获得任何种类的调查协助和相关信息”，秘史叙述道。各国的警察局长和内务部长开始为胡佛的手下提供机会，以便他们能够从邮局、电话电报公司、航空和航运公司、海关及一系列政府机构，“甚至是总统府邸”获取情报。
　　
　　如果说有一点可以让胡佛和拉丁美洲的每一个警察局长、每一位总统达成一致的话，这一点就是反共。只要拉丁美洲的左翼势力仍然存在，司法随员在第二次世界大战期间建立起来的联盟就不会消失。
　　
　　1943年夏，德国在西半球的间谍活动逐渐销声匿迹，轴心国入侵的危险也已经不复存在。当抗击希特勒的战局反败为胜时，美国领导人开始展望战后的世界。
　　
　　在华盛顿，胡佛和其他一些与自己观点相似的人们看到，斯大林和红军正在不断西进。他们看到，当法西斯被打败后，这场战争仍然没有结束。他们看到，一场反共战争正在日渐逼近。
　　
　　而此时，胡佛面临的最大挑战就是如何打赢这场战争。