1908年6月底，在国会休会之际，波拿巴终于等到了机会。他动用司法部的开支从联邦经济情报局雇用了8名资深特工作为长期全职调查员。7月26日，波拿巴签署正式命令，建立起一个由34名“特别探员”组成的调查部门。为了满足总统的愿望，他不惜恳求、借用甚至偷窃所需资金和人手。波拿巴任命斯坦利•W.芬奇为调查局首任局长，这个人却不具备在华盛顿特区的执法资格。
　　
　　“最大的困难是如何组建一支忠贞不渝、办事高效的队伍。”波拿巴私下告诫总统，这支队伍必须“对犯罪分子经常出没的场所及习性有所了解，其成员有义务在工作中经常结交并利用那些道德标准极其低下的人”。波拿巴表示，“侦探们常常会面临伪造有利证据的诱惑”，而司法部部长是“对他们工作负责的不二人选”。
　　
　　在调查局成立之后，1908年12月，波拿巴才在司法部的年度工作报告中用寥寥数语提到了这一事实。“司法部有必要组建一支特别探员队伍，”他写道，“这是该部门顺理成章之举。”这一表述显然是有意遮掩，因为调查局的成立明显是出自总统的钧令。
　　
　　波拿巴以个人名义向国会保证，调查局绝不会沦为一个秘密警察组织，也不会与政治产生任何瓜葛。作为国家首席检察官的司法部部长完全能够掌管和控制好自己的人员。“无论在任何时候，司法部部长都会了解或者应当了解他们的所作所为。”波拿巴承诺。