自20世纪50年代以来，中央政府策略屡遭抗议就成为苏联边缘地区政治的一大特征。自苏联解体、俄罗斯联邦成立后，俄罗斯本土地区继续要求改变领土和政治现状。俄罗斯北高加索车臣共和国从俄罗斯脱离出来，宣布独立。其实早在1991年苏联解体之前，这件事就已经引起了各方关注。1992年，为了解决争端，叶利钦尝试推出一项新的联邦条约。然而，车臣地区和鞑靼斯坦共和国坚决反对这项条约。这引起了一阵恐慌，人们担心俄罗斯将会像苏联一样被拆散。鞑靼斯坦和其他一些俄罗斯地区坚决反对俄罗斯新宪法中涉及地方权利的条款。叶利钦政府穷尽努力，最终于1994年2月同鞑靼斯坦达成了双边协议。然而，对车臣重回俄罗斯联邦的问题，叶利钦所做的努力还不够。此后不久，他坚决反对车臣独立，并于1994年夏天策划推翻车臣政府。然而车臣方面抓获了俄罗斯的密探，反而当众羞辱了叶利钦和俄罗斯当局。

1994年12月，俄罗斯政府对车臣发动了一场全面军事进攻。该次进攻是自二战后，发生在俄罗斯土地上规模最大的军事行动，军民死伤不计其数，车臣首府格罗兹尼也几近摧毁。1996年8月，总统选举结束后普京来到了莫斯科，这时不自量力的俄罗斯军队基本崩溃，已无法有效作战。士兵死伤无数，部队士气衰竭，再加上军备不足，长官们不得不动用二战时的军械储备。入伍的士兵连最基本的需求都得不到保障。到了冬天，车臣地区环境恶劣，当局不得不发动俄罗斯民众为战斗在车臣的士兵们织袜子。最后，车臣之战以俄罗斯战败告终，这也是自10年前阿富汗战役后，俄罗斯在军事上的又一次惨痛败绩，只不过，这一次是败在自己的领土上。自6月的总统选举中高调亮相后，列别德上校已成为俄罗斯政坛上不可忽视的人物，在他的煽动下，叶利钦政府不得不同车臣政府达成停战协定。在随后的和平协定中，莫斯科方面同意停止军事干预，并且同车臣方面签订了关于双方未来关系的双边条约。许多俄罗斯政要和高级军官对这等奇耻大辱感到愤怒万分，他们怒言道，1996年到1997年同车臣达成的条约都只是暂时的。[11]

车臣战争的惨败助长了其他地区的气焰，于是他们也要求签订双边条约。这样一来，双边条约就不再是一种应急措施，而是成为调节莫斯科同俄罗斯边缘地区关系的主要机制。两年间，叶利钦政府不得不与多个地区商定协议，其中包括：临近鞑靼斯坦的主要产油国巴士科尔托斯坦，位于北高加索地区与车臣毗邻的下诺夫哥罗德，叶卡捷琳堡，白尔姆和伊尔库茨克，从俄罗斯中心地带延伸至乌拉尔河和（西伯利亚地区的）贝加尔河地带的所有重要民族地区，俄罗斯金刚石工业的中心地—西伯利亚萨哈雅库特共和国，以及波罗的海地区加里宁格勒的国外领地，甚至还包括圣彼得堡和列宁格勒周围的州区。[12] 虽然这些条约成为避免将来发生毁灭性斗争的有力工具，但是，俄罗斯陷入了领土分散、责权混叠的局面。

这一时期，莫斯科的对外政策开始摇摆不定。内部斗争以及经济衰弱，导致俄罗斯无法对国外的主要发展形势施加影响。20世纪80年代，苏联领导人米哈伊尔•戈尔巴乔夫和外交部长爱德华•谢瓦尔德纳泽（Eduard Shevardnadze）为国家政策和外交政策建立了直接联系。为了赢得国际上的财政支持，实现重建和复兴苏联经济，他们摒弃了苏联对待西方的传统态度，转而着力于缓解紧张的国际关系。[13]一开始，鲍里斯•叶利钦沿袭了外交部长安德烈•科济列夫（Andrei Kozyrev）的对外政策。在实施“休克疗法”的早期阶段，着力于处理好与国际金融、政治机构，以及美国之间的关系。1992年2月1日，叶利钦总统和美国总统乔治•赫伯特•沃克•布什发表了联合声明，宣布俄罗斯与美国化敌为友。两位领导人宣称，俄美两国将建立战略合作关系，开启新的纪元。然而随着在一系列国际危机中俄罗斯与西方国家关系陷入泥沼，俄美两国友好合作的希望迅速破灭。科索沃战争爆发之后，俄罗斯方面没有能力阻止美国的军事行动，因此两国关系一度降至冰点。北约的第一轮向东扩张也加剧了俄罗斯对美国的不满情绪。与此同时，俄罗斯与欧洲的关系也变得极为冷淡。

在此期间，尽管美国和一些国际金融机构不断承诺为俄罗斯提供充足的资金支持，然而他们却并没能帮助俄罗斯缓解经济改革带来的严重后果。[14] 这样一来，叶利钦政府的幻想破灭了，于是他们把对外政策的焦点从西方国家转移到前苏联国家上，试图挽回莫斯科在这一地区的霸主地位。

叶利钦提议与邻邦国家进一步建立密切关系，可是，这一提议遭到了邻邦的冷落。自苏联解体后，叶利钦的团队认为，在俄罗斯的领导下，独联体（CIS）的创立为后苏联时代重整地域局面开创了一个新机制。然而，一切并没有按照计划发展。在大部分独联体成员国眼里，成立独联体，只是为了防止发生类似的南斯拉夫战争，或者说，这只是和平分裂的开始。除此之外，俄罗斯经济危机一直不能有效缓解，这严重影响了独联体地区一体化政策的推行，致使独联体在政治、经济、安全等领域的发展进程极为缓慢。而受到北约东扩的影响，俄罗斯在中亚的领导地位也不断遭受质疑。政治混乱、经济衰败、国家安全与统一饱受威胁、与欧美之间的外交关系陷入僵局，在独联体成员国中的公信力遭到质疑，这一系列内忧外患成为了世纪之交俄罗斯面临的巨大挑战。这时的俄罗斯急需一个威望和手腕都足够强硬的人来继承国家大统。因此，普京的出现让叶利钦感到欣喜，也让俄罗斯人民看到了希望。