在此同时，以及随后的几年里，阿桑奇和妻子就儿子丹尼尔的抚养权打了一场同样艰难的官司。因为不论是从精神还是肉体上讲，这场法律之争远远比他的刑事诉讼案更痛苦。
　　
　　阿桑奇和他的母亲克里斯蒂娜都认为，儿子（孙子）丹尼尔的母亲和新男友对孩子的健康成长构成了危险，因此要夺回抚养权。
　　
　　但是他们居住地所在州的儿童保护机构卫生与社区服务局却不这么认为。因为阿桑奇指控的具体内容并不明确。在澳大利亚，家务法庭的记录是匿名保存的。州议会一个委员会在1995年调查发现，卫生与社区服务局在处理申诉案时，有一种“将尽可能多的案件推诿掉的根本观念”。也就是说，卫生与社区服务局认定一个孩子生活在安全的家庭里之后，阿桑奇是无法立即对此决定提起上诉的。
　　
　　这样，抚养权之争就演变成了阿桑奇与州政府之间的苦战。
　　
　　克里斯蒂娜回忆说：“在我们看来，这就是一个庞大的官僚机构在压制人民。”
　　
　　她和阿桑奇，还有另外一位活跃分子组建了一个组织：“家长对保护儿童的调查”。
　　
　　“我们采用了全部的激进主义活动方法”，在与卫生与社区服务局的会议上，“我们会溜进去秘密录音”。