1875年6月，左宗棠被任命为钦差大臣、督办新疆军务。随后，左宗棠推荐刘锦棠为总理行营事务。1876年4月27日刘锦棠率领老湘军骑兵、步兵一万二三千人，分三批出嘉峪关进兵阿古柏。
　　
　　令人奇怪的是：每个人除了携带干粮水壶和兵刃衣服外，还带着一捆树苗。老湘军一边插柳一边行军。原来，左宗棠要求他们沿途栽树。
　　
　　6月，刘锦棠率领轻骑兵到达济木萨后遇到乌鲁木齐都统金顺，研究了具体军事行动后，迅速攻占古牧地，攻占了乌鲁木齐。完成了左宗棠制定的“先北后南”战略部署，刘锦棠又于1877年3月收复了达坂城、托克逊、吐鲁番。其后，阿古柏暴亡，有的说自杀，有的说被属下和亲人合谋杀死。
　　
　　其后，刘锦棠向西进攻，以每天平均100多里的速度推进，收复了喀喇沙尔、库尔勒、库车、乌什、阿克苏、喀什、和田等。因为进军神速，人们称其为“飞将军”，回族同胞赞其为“刘大闯”。
　　
　　作为前线总指挥左宗棠绝不可能直接带兵打仗，那么，刘锦棠作为实际进攻阿古柏的阵前总指挥，自1878年开始就已经对新疆进行了行政建设。直到1880年7月左宗棠回京，刘锦棠正式被任命为钦差大臣，督办新疆事务，刘锦棠正式成为新疆第一臣。到了1884年10月，新疆建省，刘锦棠成为首任甘肃新疆巡抚，终于完成了华丽转身。
　　
　　自此，楚系将领开始治理新疆，先后有刘锦棠（1884-1889）、魏光焘、（1889-1991）、陶模（1891-1895）、饶应祺（1895-1903）等。刘锦棠在新疆主政12年，对于稳定、发展新疆居功至伟。陶模和饶应祺都是左宗棠在陕甘时期提拔起来的官员，特别是饶应祺最后成为了左宗棠的孙岳丈，实现了他必须把女儿嫁给左氏后人的愿望。
　　
　　左宗棠从12岁开始专心学习书法，在晚清自成一派。其书法特点：行书出清臣（颜真卿）、诚恳（柳公权），北碑亦时凑笔端，故肃然森立、劲中见厚。
　　
　　其字恰如其人，笔锋当中，轻重缓急，浓淡相宜，字里行间都透射出桀骜不驯的铮铮铁骨。
　　
　　左宗棠的一生，最为光彩的一节就是收复西北，特别是帮助曾纪泽收回了已被沙俄侵吞的部分领土。然而，其风光之后便是最令他心碎的失败。这种失败并非是左宗棠的个人失败，而是国家以及匡扶社稷的路线的失败。中法战争中，左宗棠历尽心血经营的马尾船厂及其福建水师几近土崩瓦解，左宗棠也出师未捷身先死。