1960年10月13日，艾森豪威尔总统传见胡佛，并召开了国家安全委员会紧急会议。当年秋天，白宫面临着严峻的国家安全形势。在菲德尔•卡斯特罗的领导下，苏联模式的共产主义正在古巴崛起，对美国构成了严重的威胁。然而，在这次国家安全会议上，总统大部分时间都在讨论关于性的话题。
　　
　　华盛顿的政治局面同样空前紧张。距离总统大选还有25天，双方的竞争异常激烈。再过几个小时，尼克松和肯尼迪的第三轮总统辩论就要拉开序幕。当天夜里，他们在电视上就美国的情报工作和苏联的间谍活动展开唇枪舌战。“苏联共产主义的间谍活动从未止步，”尼克松的声音略显紧张，并因此丧失了部分选票，“美国已经在导弹技术上落后于人，因此我们再也无法承受间——间谍工作的滞后，或者应——应该说，呃，情报工作的滞后。”
　　
　　尽管如此，在10月13日的国家安全会议上，总统还是用了半个多小时向胡佛强调，务必要除掉美国高层的同性恋。
　　
　　在此之前，国家安全局负责密码破译工作的两名数学天才，31岁的伯农•米切尔和29岁的威廉•马丁投靠了苏联。他们突然从岗位上消失，直到8天以后人们才发现他们不见了。50年后，国家安全局解密了这次事件。虽然有关记录并未提到这一点，但还是有很多人认为，马丁和米切尔是同性恋。他们从华盛顿出发，途经墨西哥城来到哈瓦那，然后飞往莫斯科。9月6日，马丁和米切尔出现在苏联的一次新闻发布会上。他们向全世界宣布，美国国家安全局一直在破译其盟国的外交和情报密码，其中包括法国、意大利、印度尼西亚、埃及和叙利亚。
　　
　　总统找到胡佛，要求对此案提供详细报告。“有人曾经发现米切尔具有同性恋倾向，”胡佛告诉总统，“而马丁的情绪极不稳定。”尽管如此，五角大楼还是给了他们涉及高度机密的权限。对此，艾森豪威尔总统感到忍无可忍。就像胡佛一样，他把共产主义和同性恋者联系起来；他们认为，后者是最容易受到外国情报机构蛊惑的人群。
　　
　　“在发现上述情况以后，这两人竟然能够继续留在工作岗位上，总统对此感到十分惊讶，”胡佛在自己的备忘录中武断地声称。“他指示参谋长联席会议主席莱曼•L.莱姆尼策将军立即传唤有关官员，对这两人斩草除根。借用总统的原话就是，‘让他们见鬼去吧。’”
　　
　　总统询问胡佛，如何才能一劳永逸地肃清政府部门中的这一威胁。胡佛回忆道：
　　
　　总统、司法部部长和我就集中建立同性恋者名单一事展开了讨论，其中包括可能申请政府机构职位或者已经在有关部门就职的人员……
　　
　　总统表示这一信息应由联邦调查局掌握，并建议采取措施，确保联邦调查局得以搜集此类人员的所有信息，以使政府各部门能够迅速采用。