在大多数时候，麦卡锡参议员的攻击都漫无目标。只有当他手中拿着调查局的报告时，他才能做到有的放矢，命中靶心。譬如，他曾经发出威胁，要揭露中情局高薪雇用了一名特工，该特工曾因有过同性恋行为而被捕。此外，他还千方百计地想要从一名被联邦调查局怀疑是苏联间谍的国际货币基金组织官员口中套取供词。
　　
　　胡佛对麦卡锡的做法表示理解。他告诉一名新闻记者：“麦卡锡曾经是一名海军陆战队员和一个业余拳击手。他还是爱尔兰人。如果将这几个因素综合起来，你就会看到一个精力旺盛、绝不会任人摆布的人……在麦卡锡参议员来到参议院之前，我并不认识他。但是，我逐渐在正式和私人场合加深了对他的了解，并将他视作朋友。我相信，他也是这样看待我的。当然，他也是一个颇有争议的人物。他热情诚实，也四面树敌。无论你是哪一类敌对势力——共产主义、法西斯主义，或者是3K党，都会遭到他最恶毒的批评。对此我深有感触。”但是，当麦卡锡的行为即将动摇国家安全的核心机构时，胡佛就不得不设法干预，以阻止这名参议员危及整个反共运动和美国政府。
　　
　　1953年夏，麦卡锡准备对中情局展开调查。在调查委员会的秘密会议上，他指控中情局雇用共产党员，并从事共产主义阵线活动。麦卡锡警告局长艾伦•杜勒斯说，中情局“并非神圣不可侵犯，或者有权逃避调查”。杜勒斯感到山雨欲来之势，于是把麦卡锡的原话转告给自己的兄长——国务卿约翰•福斯特•杜勒斯。
　　
　　胡佛手下的特工向他汇报，“参议员麦卡锡发现，中情局是一个十分‘刺激’的目标”。联邦调查局的国会联络员卢•尼克尔斯在报告称，该参议员及其委员集结了“31名潜在的有利证人”，准备对中情局的59名雇员和官员提起诉讼。
　　
　　麦卡锡的攻击目标包括中情局官员、同性恋者詹姆斯•克伦索，并怀疑他曾经受到苏联的勒索，克伦索在接受审查的过程中自尽；另一名中情局官员据称与国务院官员欧文•拉蒂莫尔“关系亲密”，而后者曾经被麦卡锡指控为苏联在美国境内的高级间谍；此外，还有很多被怀疑“酗酒、性变态、私通、吸毒以及滥用中情局公款的”雇员也受到了调查。
　　
　　麦卡锡的大多数指控都源于中情局的报告，而这些报告中的内容很多都未经证实，甚至有一些是辗转得来的风言风语。由于担心调查局的档案有可能暴露，胡佛传话给参议员，要他暂缓势头。但是，麦卡锡没有这么做，反而大张旗鼓，寻找下一个目标。
　　
　　1953年10月，参议员麦卡锡对陆军信号团在新泽西州蒙默斯堡中心的间谍活动召开了长达一周的闭门听证会，而这里正是朱利叶思•罗森伯格曾经工作过的地方。当联邦调查局得知罗森伯格是一名地下共产党员时，他正在蒙默斯堡担任陆军信号团的电子工程师。当时，在信号团从事雷达和无线电研究的另外7名共产党员被怀疑是原子弹间谍组织的成员，罗森伯格被处死的当天，仍有4人在逃。
　　
　　1951年，胡佛曾经致信陆军情报总长亚历山大•R.博林将军。麦卡锡得到了这封信的3页摘要，其中提到蒙默斯堡的35名工人有可能是颠覆分子。很快，一名雷达专家和一名电子工程师遭到解雇，理由是他们曾经与朱利叶思•罗森伯格交往。另外33人被暂时停职并接受安全审查。但陆军方面并没有从中发现间谍。
　　
　　麦卡锡感到怒不可遏。美国历史上第一次大型电视新闻直播“陆军—麦卡锡听证会”已经一切就绪，并于1954年5月4日达到高潮。
　　
　　麦卡锡抽出胡佛有关蒙默斯堡35名颠覆分子书信的副本，把它扔给旁边衣冠楚楚的陆军部部长。当麦卡锡在大庭广众下挥舞着这封信时，胡佛觉得深受其辱。在此之前，很少有人知道这名参议员能够接触到胡佛的秘密档案。
　　
　　此时，胡佛和艾森豪威尔总统一致认为，麦卡锡对陆军和中情局的攻击已经违背了反共斗争的初衷。在他们的授意下，司法部部长布劳内尔作出判决，断定麦卡锡公开胡佛书信的做法属于未经授权采用秘密信息行为，触犯了联邦法律。对此，参议员作出高调回应，号召美国的200万政府工作人员挺身而出，为他提供有关腐败、共产主义和叛国行为的秘密。恼羞成怒的艾克立即发布敕令，禁止政府部门的行政人员在任何时候就任何事情响应在国会作证的号召。这无疑是美国历史上总统利用行政特权发出的最令人震撼的声明。
　　
　　麦卡锡感到压力重重。他每天早上喝波旁威士忌，晚上又换成伏特加。在全国电视上声讨美国政界的地下共产党之前，他只休息2～3小时。镜头前的盛大演出紧张激烈，而幕后的暗中较量同样剑拔弩张。
　　
　　1954年6月2日，在“陆军—麦卡锡听证会”的电视直播上，参议员麦卡锡公开重申，对于中情局，他誓将追查到底。
　　
　　总统立刻发起还击。6月8日，艾克在白宫告诉包括新闻秘书吉姆•哈格蒂在内的助手：“小伙子们，我相信，麦卡锡越是威胁要对情报部门开展调查，我们越能赢得公众的支持。如果你们有什么好计策能让他再次强调这一威胁，我将十分乐意依计行事，到时候他就会自食其果。”
　　
　　胡佛命令手下断绝了与这位参议员的所有联系。没有了联邦调查局的档案作为引导，麦卡锡的计划顿时搁浅。与此同时，中情局开始暗中部署，试图将他引入歧途。麦卡锡的一个下属曾对中情局的一名官员进行勒索，扬言这名官员要么暗中为麦卡锡提供中情局的秘密文件，要么就等着被毁灭。艾伦•杜勒斯及其反情报专家吉姆•安吉尔顿建议，让这名中情局官员为麦卡锡提供美国陆军内共产主义活动的虚假信息。这样一来，在与陆军针锋相对的关键时刻，该参议员就有可能不知所措。