从1930到1940年年底，他创办了中华戏曲专科学校，聘请燕京大学毕业的焦菊隐为校长，后焦去法国留学，由金仲荪接替。程砚秋出任董事长。办学十年间，培养了德、和、金、玉、永五个班，共二百多学生。宋德珠、李和曾、王金璐、李金泉、李玉茹、王和霖、李玉芝、白玉薇等名角，皆出其门下。程砚秋废除了磕头、拜师、体罚等老班社的规矩。在舞台上，不准饮场，不准用检场人，不准用跪垫，即使像《玉堂春》里的苏三整场都是跪唱，也不许用。除了专业课程以外，还开设了文化课。其中包括国语、古文、历史、地理、美术、算术、音乐、音韵、英文、法文、日文等课程，其分量超过当时的初中。他还组织学生排练西方话剧，如《梅萝香》（华尔克著，顾仲彝译）等。全校实行奖励制度，每年评定一次优秀生，头五名发给十二元的奖学金以及铜镇尺、乒乓球拍子等物。这样的举动，在当时被某些人视为“歪门邪道”。程砚秋治理学校的突出思想，就是“演戏要自尊”。他常对学生们说：“你们要自尊，你们不是供人玩乐的戏子，你们是新型的唱戏的，是艺术家。”。他又对女学生讲：“毕业了不是让你们去当姨太太。”
　　
　　最终学校还是停办了，到了1943年3月程砚秋还在处理学校解散的善后事宜。先是偿还一万六千元（伪币）的债务，再变卖学校的大汽车、戏箱、家具，最后再卖掉北京东华门大街南翠明庄校产才偿还了全部的债务。数年间卖掉若许之物，程砚秋心情沮丧，形容自己“像个败家的旗人大少爷”。
　　
　　1944年在务农时期，为了使青龙桥周围的农家子弟读上书，他也创办了一所功德中学，地址就是残破的功德寺大庙。他自掏腰包修缮校舍，定制桌椅，聘请老师，还让自己的老管家去看门做饭。接着又买下占地十八亩的金家花园专作学生宿舍。他规定农家子弟入学，一律免收学费。后来从城里来了一批流氓学生，打架斗殴，欺负女生，吓得当地孩子不敢露面。因货币贬值，教员也三天两头闹着要求涨工资。一个谋福利、积公德善举，成了一个没底儿的大坑，只见没完没了地向这位艺人董事长伸手要“银子”，却没见办出什么有益于农村教育的事来。程砚秋吃尽苦头，学校越办越办不下去。一次他去天津，见到南开大学校长张伯苓，就把自己热心公益兴办乡村教育的苦恼说了出来。一点儿也不觉奇怪的张伯苓劝导他，说：“你可不是搞这行的，不知道社会上专门有一批吃教育饭的人。你现在又不演戏，只出不进，一个人养活这么一大批人。日子长了，非把你吃垮不可。还是赶快收摊为妙。”
　　
　　他收摊了，当局接手了，功德中学更名为颐和中学。他把金家花园改为程家花园，间或来此小住。抗战胜利后，目睹官场的腐败，他没高兴多久。程砚秋对周围的一切，都感到灰心失望，过着一种时隐时显的生活。